近年來，煙臺市財政部門牢固樹立綠水青山就是金山銀山的發展理念，積極籌措資金支持打好污染防治攻堅戰。2015-2018年，全市環境保護投入資金超過30億元，其中，水污染防治投入達到15億元。2019年，市級預算安排水污染防治、水生態補償資金共計7000萬元。
為加強和規范市級環境保護專項資金的使用和管理，提高財政資金使用效益，研究制定了《煙臺市市級環境保護專項資金使用管理辦法》，通過財政補助、貸款貼息、以獎代補的方式，對區域流域性污染防治項目、重點污染源防治項目、污染防治新技術、新工藝的研究推廣應用項目及環境監督監管能力建設項目給予補助支持。
建立水資源生態補償機制，按照“誰受益誰補償”原則，依據受益區域人口、用水量和財政收入等綜合指標核定用水基準，自2014年開始設立水源地保護治理專項資金，每年市級從芝罘區、福山區、萊山區、牟平區、煙臺開發區、高新區6個受益區籌集專項資金6000萬元，主要用于棲霞市、福山區水源地保護治理項目建設補助等。
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